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Zugfahren ist in einer entsprechenden Box kein Problem, nur sollte man es sich überlegen ob man das den Tieren wirklich "antun" muss. Manche sind nicht unbedingt Streß ressistent, sprich egal wie gut die Box abdunkelst bzw. sie mit ihrem Lieblingsfutter versorgst sie entspannen sich nicht.
Zum Transport in den Öffis sollte man eine Katzentrage o.ä. nutzen, die lassen sich gut abdunkeln und man kann es den Tieren bequem machen. Ich habe mal zwei Schweinchen mit dem Zug abgeholt, einfache Strecke 700km Mit mehrfachem Umsteigen, bedingt auch durch Zugausfälle die es hatte. Auf dem letzten Stück dürfte ich mich mit den Schweinchen in die 1. Klasse setzen, der Bahnmitarbeiter hat mir damals echt den Tag gerettet.
Auch musst du das Wetter beachten, Bahnhöfe haben nicht immer gute Möglichkeiten sich halbwegs Wettergeschützt aufzuhalten. Bei Minusgraden oder extremer Hitze würde ich die Schweinchen nicht mit nehmen. Denn alles über 25 Grad ist den Tieren schon zu warm. Wird besonders dann übel wenn du im Sommer in einen Zug kommst bei dem die Klima gekippt ist, sprich nicht mehr kühlt sondern heizt. Da sollten dann weder Mensch noch Tier sich im Waggon aufhalten, es sind schon Leute umgekippt deswegen.
Deshalb lieber überlegen ob nicht jemand mal ein paar Tage nach den Tieren guckt in ihrer gewohnten Umgebung.