Hallo!
Manche Meerschweinchen mögen einfach keinen Körperkontakt und vermeiden den auch mit Artgenossen. Und gerade das raus nehmen ist IMMER unangenehm und schmerzhaft (für Dich fühlt es sich ja auch nicht gut an, wenn Dich jemand um den Bauch packt und hoch hebt). Das muss man einfach als Eigenart akzeptieren.
Das rausnehmen fürs Saubermachen und den Gesundheits-Check kannst Du dem Schweinchen vielleicht mit einem Kuschelsack angenehmer machen. Das tut dann wenigstens weniger weh, und Schutz bietet der Sack auch. Den Check dann zuletzt und dann sofort wieder ins Gehege, damit die Wartezeit nicht so lange ist.