Hamster sind mit Sicherheit viel näher genetisch an den Wildtieren als Meerschweinchen. Hausmeerschweinchen werden seit mindestens 5000 Jahre gehalten. Goldhamster werden m.W. seit rund 100 Jahren gezüchtet, Zwerghamster erst seit ein paar Jahrzehnten. Daran kann es also nicht liegen.
Meine Vermutung ist eher, dass die Haltung in einem unnatürlichen Habitat, das 1-2 Jahre nicht ausgeräumt wird mit sich bringt, dass Parasiten problematischer werden können als bei Meerschweinchen im Gehege. (Nachtrag: Natürlich entfernt man bei einem Hamster Stellen mit Urin und evtl. Kot. Aber viele Halter tauschen das gesamte Einstreu nur beim Tod des Hamsters oder notfalls wegen Parasiten o.ä. aus.)