Ich verstehe, was Du mit dem Vergleich von einem Leittier bei Pferden oder Hirschen sagen willst, aber ich glaube, es passt zum Glück nicht ganz hier. Meerschweinchen-Weibchen leiten meines Wissens nicht natürlicherweise eine Gruppe, sondern nur notgedrungen, wenn es kein Männchen gibt, das das tut. Wenn ein Weibchen dann die Rolle an ein Männchen abgeben muss, ist das nicht der Verlust einer natürlichen Position, sondern die Rückkehr zu natürlichen Verhältnissen. Leicht ist es deswegen im Übergang sicherlich trotzdem nicht, aber so hat sie m.E. mittel- und längerfristig die größte Chance auf ein glückliches Leben.
Die Alternativen wären ja, sie alleine zu halten oder ein Weibchen oder Männchen dazuzunehmen anstelle von Nils, das sich dominieren lässt. Damit erweitert sich aber das Problem auf das neue Tier.
An ein drittes Tier hatte ich auch schon gedacht. Es könnte sehr helfen, wenn Nils eine Partnerin hätte, mit der er sich gut versteht. Aber die Frage ist, wie Dein Weibchen mit der Neuen umgehen wird. Du könntest es versuchen, müsstest aber bereit und in der Lage sein, die Neue auch nach ein paar Wochen zurückzugeben.
Wenn es meine Tiere wären, würde ich aber als erstes eine Hormonbehandlung versuchen, vorzugsweise mit den im Link genannten Tabletten. Sollte die nicht helfen, brauchst Du es ja damit nicht weiter zu versuchen. Sollte sie helfen, hast Du das Problem gelöst und weißt gleichzeitig, dass es nicht an Abneigung oder einem Streit liegt, sondern körperliche Ursachen hat.