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Ich gebe Marie-Luise Recht was den geplanten Belag und die Größe des Geheges angeht. Das Mindestmaß bei drei Meerschweinchen sind 2m². Auch wenn der Auslauf im ganzen Zimmer ermöglicht wird, sollte diese Größe nicht unterschritten werden. Wenn theoretisch ein Teil davon noch eingestreut ist und dadurch eine Barriere (damit das Streu sich nicht überall verteilt) vorhanden ist, bleibt nicht mehr allzu viel Platz zum Rennen.
Da mein Gehege auch auf dem Boden steht und permanent offen ist, würde ich dir auf jeden Fall die Fleecehaltung empfehlen. Allein schon damit du nicht überall Streureste im Zimmer verteilt hast (Meerschweinchen tragen die meterweit über den Stoffbereich hinweg). Wegen des Geruchs brauchst du dir da keine Gedanken machen. Handtücher halten relativ lang die Flüssigkeit und stinken deshalb viel schneller als andere Stoffe, die üblicherweise für die Stoffhaltung gewählt werden.
Ganz klassisch wählt man ganz unten eine wasserundurchlässige Schicht (Plane, Wachstischdecke), dann eine Inkontinenzunterlage und darüber eine Flüssigkeitsdurchlässige Stoffschicht. Das können Fleecedecken oder um Microplastik zu vermeiden auch andere Stoffe sein. Allerdings sollte der ganze Aufbau auch eine gewisse Dicke haben, damit die zarten Füßchen geschont werden. Ich habe deshalb unter der Inkontinenzunterlage mehrere Schichten an alten Bettlaken und Decken und brauche keine Plane zum Schutz des Bodens. Demnächst wird das durch Molton ersetzt. Sinnvoll sind außerdem sogenannte Pipipads an vielgenutzten Stellen, die öfter gewechselt werden können ohne gleich Alles waschen zu müssen.
Eine Möglichkeit um das Ganze zu verenfachen: es gibt ein paar Anbieter von Gehegelinern, die alle Schichten bereits miteinander vereinen und einfach zu waschen sind. Die sind nicht ganz billig, aber bei 2m² Fläche dürfte sich das noch im Rahmen halten.