In das Ohr würde ich von mir aus nichts machen. Das kann übel schiefgehen. Schon allein wenn sie sich so heftig wehrt und Du dadurch das Wattestäbchen unbeabsichtigt zu tief in das Ohr stößt. Zudem darf diese Creme (das ist es vermutlich bei Dir?) keines falls in das Auge kommen oder verschluckt werden. Wie willst Du verhindern, dass etwas von dem Mittel an der Oberfläche übrigbleibt und sie es abwischt und dann vom Füßchen ableckt.
Ich habe auch noch nie gehört, dass das Mittel für Tiere angewendet wird. Das muss nicht heißen, dass es schädlich wäre, aber es heißt auch nicht, dass es harmlos oder geeignet wäre.
Ehe ich so ein m.E. gefährliches Mittel einsetzen und das Tier damit wochenlang plagen würde, würde ich beim Tierarzt abklären lassen, was das Problem ist und was ein für Meerschweinchen geeignetes Mittel ist.